现代医学认为，引起肛周脓肿的病因较多，为肛肠病的高发病种，医生提醒，发现肛门脓肿要及时去医院检查治疗，以免延误病情，给生活和工作带来诸多不便！
主要原因有以下几个方面：
1、感染性因素：现代医学认为，感染是引起本病的主要原因。
2、医源性因素：临床上属医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。①内痔插枯痔丁或注射方法，因操作不当或药剂不洁感染形成粘膜下脓肿。②直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿。③乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿。④局部麻醉感染，或油溶液注入后吸收不良，而形成脓肿。
3、手术后因素：临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染、产后会阴破裂缝合后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染等引起的脓肿。
4、其它：直肠内异物损伤后感染，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或营养不良，都是肛门直肠周围脓肿的发病原因。
深部肛周脓肿一旦形成后，内部压力逐渐增大，这时应早期手术，不仅可使脓腔早愈，防止蔓延，而且也不易形成肛瘘，即使形成肛瘘，也比较容易治疗；若脓肿延误了早期手术治疗，则感染灶就很可能向周围附近间隙转移，形成范围较大的脓肿，脓液可从皮下蔓延到坐骨直肠窝，从患侧经组织间隙蔓延到对侧，又可经内外括约肌之间进入肛门内，向上穿破提肛肌进入盆腔形成腹膜炎；或向邻近组织器官如直肠、膀胱、阴道、尿道等侵蚀溃烂穿破，形成多种类型的复杂性肛瘘。
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